Asıl girişi vadi yönünde olan Kilise’ye , kuzeyden açılan bir tünel vasıtasıyla girilebilmektedir.
3 apsisli, biri merkezi olmak üzere dokuz kubbeli, 4 sütunlu ve kapalı yunan haçı planlıdır. Elmalı Kilise’nin ilk süslemeleri Aziz Basil ve Azize Barbara Şapelleri’nde olduğu gibi doğrudan duvara kırmızı boya ile yapılan haç ve geometrik motiflerdir.
 
Merkezi kubbede İsa Pantokrator tasviri, pandantiflerde 4 incil tasviri, kubbeyi taşıyan kemerlerde ise ellerinde dua yazılmış kağıt taşıyan peygamberler resmedilmiştir. İncil siklusunun yanısıra Tevrat kaynaklı İbrahim Peygamber’in misafirperverliği ve Üç yahudi gencin fırında yakılması resmedilmiştir.
 
Elmalı Kilise, 11. yüzyılın ortası, 12. yüzyılın sonuna tarihlenmektedir.
 
Sahneleri:Deesis, Doğum, Üç müneccimin tapınması, Vaftiz, Lazarus’un diriltilmesi, Başkalaşım, Kudüs’e giriş, Son akşam yemeği, İhanet, İsa Golgota yolunda, İsa çarmıhta, İsa’nın gömülmesi, İsa’nın cehenneme inişi, Kadınlar boş mezar başında, İsa’nın göğe çıkışı ve aziz tasvirleri. Ayrıca Tevrat kaynaklı İbrahim Peygamber’in misafirperverliği ve Üç yahudi gencin fırında yakılması sahnesi resmedilmiştir.