Kuzeydeki kavisli bir merdivenden kilisenin dikdörtgen beşik tonozlu narteksine çıkılır. Narteksin güneyinde ikisi büyük, biri küçük 3 mezar bulunmaktadır. Kilise haç planlı, haç kolları çapraz tonozlu, merkezi kubbeli, dört sütunlu ve üç apsislidir.
 
Karanlık Kilise olarak adlandırılmasının nedeni, narteks kısmındaki küçük bir pencereden çok az ışık almasından dolayıdır. Bu sebeple fresklerdeki renkler oldukça canlıdır.
17.yüzyıldan itibaren yapılan grafitolardan dolayı oldukça yıpranmış olan kilise, Türk, Fransız, İtalyan ve Polonyalı restoratörlerden oluşan ekibin 12 yıl boyunca yaptığı çalışmalar sonucu bugünkü haline kavuşmuştur.
 
Kilise ve narteks İsa ve incil siklusunu içeren zengin süslemelere sahiptir. Ayrıca Elmalı ve Çarıklı Kilise’de olduğu gibi Tevrat kaynaklı sahneler de resmedilmiştir.
8 donör tarafından yaptırılan Karanlık Kilise’nin 2 donörü ana apsise, 4 donör Melek Gabriel ve Michael ile birlikte, 2 donör ise nartekse resmedilmiştir. Ana apsiste diz çökmüş, İsa’ya dua eder durumda tasvir edilmiş 2 donörden yalnızca Nicophorus’un ismi korunabilmiştir. Yazıtında ‘Allahın kulu Nicaphorus’un duası’ ifadesi yeralır.
Karanlık Kilise’de diğer önemli bir sahne de kuzey ve doğu duvarında yeralan 4 incil yazarı ve kuzey duvarında ellerinde tıp aletleri bulunan aziz doktorlardır. Kilise, 12. yüzyıl sonu, 13. yüzyıl başına tarihlenmektedir.
 
Sahneleri:Deesis, Müjde, Beytüllahim’e yolculuk, Doğum, Üç müneccimin tapınması, Vaftiz, Lazarus’un diriltilmesi, Başkalaşım, Kudüs’e giriş, Son akşam yemeği, İhanet, İsa çarmıhta, İsa’nın cehenneme inişi, Kadınlar boş mezar başında, Havarilerin takdisi ve görevlendirilmesi, İsa’nın göğe çıkışı, İbrahim Peygamber’in misafirperverliği, Üç yahudi gencin yakılması ve aziz tasvirleri.