El Nazar Kilisesi’nin yakınlarında olan Saklı Kilise’nin girişi toprak kayması yüzünden yıllarca önce kapanmış, 1957 yılında bir rastlantı sonucu keşfedildiğinden bu adı almıştır. Mezopotamya kilise mimari geleneğine benzeyen Saklı Kilise, enlemesine dikdörtgen planlı, ana mekan iki sütun ve üç kemerle ikiye ayrılmıştır.. Üç apsislidir. Ancak apsislerden ikisi çöktüğünden birleşmiştir. Düz tavan haçlarla ve içinde geometrik süslemelerle dekore edilmiştir. Kiliseyi süsleyen resimler sıva üzerine değil, doğrudan ana kaya üzerine yapılmıştır. Açık renk zemin üzerine Kilisenin etrafında bulunan boyalı bez parçalarında yapılan analizler sonucunda kilisenin boyamasında fırça yerine bez kullanıldığı anlaşılmıştır. 11. yüzyılın ikinci yarısına tarihlenen Saklı Kilise’deki sahneler geniş bir İsa siklusunu içermektedir.
Sahneleri: Deesis, Müjde, Doğum, İsa’nın mabete takdimi, Vaftizci Yahya’nın görevlendirilmesi, Vaftiz, Başkalaşım, İsa çarmıhta, Meryem’in ölümü ve aziz tasvirleri.